初出データ
< > は雑誌掲載など、[ ] は本の形（単行本・文庫）になったものを示す。日付は奥付記載の年月日なので、発売日とは一致しない。
(２００３年)
[長編・単行本] 『火星ダーク・バラード』（角川春樹事務所／表紙カバー画：田中達之）(2003.12.8)
(２００４年)
<短編> 「ブルーグラス」（「小松左京マガジン」第13巻／扉絵、挿画：張仁誠）(2004.1.28)
[長編・単行本] 『ゼウスの檻』（角川春樹事務所／表紙カバー画：田中達之）(2004.11.8)
(２００５年)
[長編・単行本] 『ラ・パティスリー』（角川春樹事務所／表紙カバー画：金子恵）(2005.11.8)
(２００６年）
<短編> 「魚舟・獣舟」（異形コレクション・第３６巻『進化論』光文社文庫／表紙カバー画、挿画：泉沢光雄）(2006.8.20)
(２００７年)
<短編> 「くさびらの道」（異形コレクション・第３８巻『心霊理論』光文社文庫／表紙カバー画、挿画：山本ゆり繪）(2007.8.20)
<短編> 「饗応」（異形コレクション・第３９巻『ひとにぎりの異形』光文社文庫／表紙カバー画：泉沢光雄）(2007.12.20)
(２００８年)
[連作短編集] 『ショコラティエの勲章』（東京創元社／ミステリ・フロンティア／表紙カバー画：東京創元社お茶室）(2008.3.25)
[長編・書き下ろし文庫] 『美月の残香』（光文社文庫／表紙カバー画：坂野公一）(2008.4.20)
<短編> 「真朱の街」（異形コレクション・第４０巻『未来妖怪』光文社文庫／表紙カバー画オブジェ制作：天野行雄、挿画：森野達弥）(2008.7.20)
[長編] 【文庫版／改稿版】『火星ダーク・バラード』（ハルキ文庫／表紙カバー写真：KATUHIRO YAMASHITA／SEBUN PHOTO）(2008.10.18)
（２００９年)
[短編集・文庫] 『魚舟・獣舟』（光文社文庫／表紙カバー画：山本里士）(2009.1.20)
収録作：「魚舟・獣舟」「くさびらの道」「真朱の街」「饗応」「ブルーグラス」 *「小鳥の墓」（* 書き下ろし中編）
<短編> 「夢みる葦笛」（異形コレクション・第４３巻『怪物團』光文社文庫／表紙カバー画オブジェ制作：小山哲生、挿画：槻城ゆう子）(2009.8.20)
<短編> 「マグネフィオ」（早川書房「ＳＦマガジン」2010年2月号／扉絵：服部幸平）(奥付表記は2010年、実売日は2009年12月)
(２０１０年)
<長編> 【月刊誌連載】『菓子フェスの庭』第１回～第７回（河発行所「河」）(2010.6.1～12.1)
[長編] 【文庫版／改稿版】『ラ・パティスリー』（ハルキ文庫／表紙カバー画：中村佑介）(2010.5.18)
<短編> 「眼神（マナガミ）」（異形コレクション・第４５巻『憑依』光文社文庫／表紙カバー画、挿画：青木克世）(2010.5.20)
<短編> 「完全なる脳髄」（異形コレクション・第４６巻『Ｆの肖像 フランケンシュタインたちの幻想』光文社文庫／表紙カバー画、挿画：斉藤秀弥）(2010.9.20)
[長編・単行本] 『華竜の宮』（早川書房 Ｊコレクション／表紙カバー画：山本ゆり繪）(2010.10.25)
(２０１１年)
<長編> 【月刊誌連載】『菓子フェスの庭』第９回～第１０回（* 完結）（河発行所「河」）(2011.1.1～3.1)
<短編> 「リリエンタールの末裔」（早川書房「ＳＦマガジン」2011年4月号／扉絵：山本ゆり繪）(奥付表記は2011年4月、実売日は2011年2月)
[連作短編集] 『ショコラティエの勲章』（ハルキ文庫／表紙カバー画：中村佑介）(2011.3.18)
<短編> 「ナイト・ブルーの記録」（書き下ろし日本ＳＦコレクション『ＮＯＶＡ ５』河出文庫／表紙カバー画：西島大介）(2011.8.20)
[短編集・文庫] 『リリエンタールの末裔』（ハヤカワ文庫 JA／表紙カバー画：中村豪志）(2011.12.15)
収録作：「リリエンタールの末裔」「マグネフィオ」「ナイト・ブルーの記録」*「幻のクロノメーター」(* 書き下ろし中篇)
[長編・文庫] 『菓子フェスの庭』（ハルキ文庫／表紙カバー画：中村佑介）(2011.12.18)
<短編> 「石繭」（異形コレクション・第４７巻『物語のルミナリエ』光文社文庫／表紙カバー画：泉沢光雄）(2011.12.20)
<百目シリーズ/短編> 「神無しの社」（"妖怪探偵・百目シリーズ" 光文社「小説宝石」2012年1月号／扉絵：山本ゆり繪）(2011.12.22)
(２０１２年)
[長編・単行本] 『ブラック・アゲート』（光文社／表紙カバー写真：JIM BRANDENBURG／MINDEN PICTURES）(2012.2.20)
<短編> 「氷波」（徳間書店『読楽』2012年5月号／扉絵：横田克己）(2012.5.1)
<短編> 「滑車の地」（講談社『小説現代』2012年9月号／扉絵、挿画：浅野新）(2012.9.1)
<長編> 【Web連載】『薫香のカナピウム』第一章 (マトグロッソ／2012.11.15～12.13)
[長編] 【文庫版】『華竜の宮』（上・下）（ハヤカワ文庫 JA／表紙カバー画：コードデザインスタジオ）(2012.11.25)
<百目シリーズ/短編> 「皓歯」（"妖怪探偵・百目シリーズ" 光文社「小説宝石」2012年12月号～2013年1月号／扉絵：山本ゆり繪）(2012.11.22～12.22)
(２０１３年)
<短編> 「楽園（パラディスス）」（角川書店 アンソロジー『ＳＦ ＪＡＣＫ』／表紙カバー画：田中達之）(2013.2.28)
<長編> 【Web連載】『薫香のカナピウム』第二章(1)～(8) (2013.4.26～7.11) 第三章(1)～(7) (2013.11.14～12.26)
[エッセイ] 「夢と悪夢の間で」（エッセイ集『未来力養成教室』収録／岩波書店 岩波ジュニア新書／表紙カバー画、挿画：YOUCHAN）(2013.7.19)
<百目シリーズ/短編> 「炎風」（"妖怪探偵・百目シリーズ" 光文社「小説宝石」2013年2月号～4月号／扉絵：山本ゆり繪）
<短編> 「上海フランス租界祁斉路三二〇号」（光文社「ＳＦ宝石」／表紙カバー画：木村デザイン事務所）(2013.8.20)
[長編・単行本] 『深紅の碑文』上・下（早川書房 Ｊコレクション／表紙カバー画：宮崎真一朗）(2013.12.25)
(２０１４年)
<長編> 【Web連載】『薫香のカナピウム』第三章(8)～(10) (2014.1.23) 第四章(1-18) (2014.2.28～6.29) ～第五章(1-9) (2014.7.3～8.28)（* 完結）
<百目シリーズ/短編> 「妖魔の敵」（"妖怪探偵・百目シリーズ" 光文社「小説宝石」2014年5月号／扉絵：山本ゆり繪）(2014.4.22)
<エッセイ> 神戸新聞「随想」計８回 (2014.5.2～8.13)
[百目シリーズ／第１巻] 『妖怪探偵・百目』(1) 朱塗の街（光文社文庫／表紙カバー画：中塚理恵）(2014.7.20)
収録作：*「序幕」*「続・真朱の街」（牛鬼篇）（* 書き下ろし短編）「神無しの社」「皓歯」「炎風」「妖魔の敵」
<百目シリーズ> 【Web連載】「魔を追う者たち」（"妖怪探偵・百目シリーズ"／Web光文社文庫）(2014年11月～12月号）
<百目シリーズ> 「来歴」（"妖怪探偵・百目シリーズ"／Web光文社文庫）(2014年12月～2015年1月）
(２０１５年)
[長編・単行本] 『薫香のカナピウム』（文藝春秋／表紙カバー画：鈴木康士）(2015.2.9)
[百目シリーズ／第２巻] 『妖怪探偵・百目』(2) 廃墟を満たす禍（光文社文庫／表紙カバー画：中塚理恵）(2015.4.20)
収録作：「魔を追う者たち」「来歴」 *「隠された心」*「妖怪楼閣」*「マジューヌミーヒトゥ」*「兆しの黒雲」*「清姫」（* 書き下ろし）
<短編> 「アステロイド・ツリーの彼方へ」（光文社「ＳＦ宝石 ２０１５」／表紙カバー画：木村デザイン事務所）(2015.8.20)
<長編・単行本> 『セント・イージス号の武勲』（講談社／表紙カバー画：塩田雅紀）(2015.9.8)
<百目シリーズ> 【Web連載】「紫桜」「一絃琴の魔」「未来からの声（* 抄録）」（"妖怪探偵・百目シリーズ"／Web光文社文庫）(2015年9月～10月号）
[百目シリーズ／第３巻] 『妖怪探偵・百目』(3) 百鬼の楽師（光文社文庫／表紙カバー画：中塚理恵）(2015.11.20)
収録作：「紫桜」「一絃琴の魔」*「未来からの声」*「もうひとりの陰陽師」*「前哨戦」*「鐘入り」*「楽音の呪」*「終極」（* 書き下ろし）
(２０１６年)
[対談集] 特集『妖怪探偵・百目』 上田早夕里×八杉将司（OFFICE 222／ミューズ叢書<1>）(2016.1.20)
[長編] 【文庫版】『深紅の碑文』上・下（ハヤカワ文庫／表紙カバー画：宮崎真一朗）(2016.2.24)
<アンソロジー> 【文庫版】『ＳＦ ＪＡＣＫ』 <短編>「楽園（パラディスス）」（角川文庫／表紙カバー画：河田岬）(2016.2.25)
[トークイベント記録] 特集「オーシャンクロニクル・シリーズ(1)」『薫香のカナピウム』（OFFICE 222／ミューズ叢書<2>）(2016.3.30)
<長編> 【月刊誌連載】『破滅の王』（双葉社「小説推理」2016年4月号～2016年12月号／扉絵：渡邊伸綱）
[短編集・単行本] 『夢みる葦笛』（光文社／表紙カバー画・挿画：山本ゆり繪）(2016.9.20)
収録作：「夢みる葦笛」「眼神」「完全なる脳髄」「石繭」「氷波」「滑車の地」「プテロス」「楽園（パラディスス）」「上海フランス租界祁斉路三二〇号」「アステロイド・ツリーの彼方へ」
[対談集] 町井登志夫インタビュー：特集『爆撃聖徳太子』（OFFICE 222／ミューズ叢書<3>）(2016.10.2)
(２０１７年)
<長編> 【月刊誌連載】『破滅の王』（双葉社「小説推理」2017年1月号～6月号／扉絵：渡邊伸綱）（* 完結）
<短編> 「ルーシィ、月、星、太陽」（早川書房「ＳＦマガジン」2017年4月号／扉絵：山本ゆり繪）(奥付表記は2017年4月、実売日は2017年2月)
<長編> 【デジタル月刊誌連載】『リラと戦禍の風』（KADOKAWA「文芸カドカワ」7月号～12月号／扉絵：柳智之）
[長編・単行本] 『破滅の王』（双葉社／表紙カバー画：川名潤）(2017.11.25)
[長編・書き下ろし文庫] 『トラットリア・ラファーノ』（ハルキ文庫／表紙カバー画：西山寛紀）(2017.12.15)
(２０１８年)
<長編> 【デジタル月刊誌連載】『リラと戦禍の風』（KADOKAWA「文芸カドカワ」1月号～8月号／扉絵：柳智之）（* 第一部・完結）
[対談集] 町井登志夫×上田早夕里「ＳＦ往復書簡」（OFFICE 222／ミューズ叢書<4>）(2018.2.10)
[長編] 【電子書籍版】『火星ダーク・バラード』（Kindle Desk Publishin／編集：オフィス・トリプルツー）（※初の電子化。再改稿版）
[長編] 【文庫版】『薫香のカナピウム』（文春文庫／表紙カバー画：河合真維）(2018.9.10)（※改稿版）
[短編集] 【文庫版】『夢みる葦笛』（光文社文庫／表紙カバー画：山本ゆり繪）(2018.12.20)
(２０１９年)
<短編> 「銀翼とプレアシスタント（抄）」（早川書房「ＳＦマガジン」2019年4月号／扉絵：山本ゆり繪）(奥付表記は2019年4月、実売日は2019年2月) ※中編作品の冒頭のみ掲載
<ショートショート> 「白い腕」（小学館「STORYBOX」2019年3月号／挿絵：） <播磨国妖綺譚シリーズ> 「井戸と、ひとつ火」(文藝春秋「オール讀物」２月号／扉絵：山野辺進）(2019.1.20)
[長編・単行本] 『リラと戦禍の風』（KADOKAWA／角川書店／表紙カバー画：指宿）(2019.4.18)
<長編> 【月刊誌連載】『ヘーゼルの密書』（光文社「小説宝石」2019年5月号～12月号／扉絵：永井秀樹）
<播磨国妖綺譚シリーズ> 「二人静」(文藝春秋「オール讀物」８月号／扉絵：山野辺進）(2019.7.20)
[長編] 【文庫版】『破滅の王』（双葉文庫／表紙カバー画：川名潤）(2019.11.17)
<エッセイ> 「思い出のＳＦのマガジン」（早川書房「ＳＦマガジン」2020年2月号）(2019.12.25)
(２０２０年)
<長編> 【月刊誌連載】『ヘーゼルの密書』（光文社「小説宝石」2020年1月号～8月号／扉絵：永井秀樹）（* 完結）
<播磨国妖綺譚シリーズ> 「都人」(文藝春秋「オール讀物」６月号／扉絵：山野辺進）(2020.5.22)
<短編> 「化石屋少女と夜の影」（異形コレクション・第４９巻『ダーク・ロマンス』光文社文庫／表紙カバーデザイン：坂野公一／画：Q-TA）(2020.11.20)
<播磨国妖綺譚シリーズ> 「白狗山彦」(文藝春秋「オール讀物」１２月号／扉絵：山野辺進）(2020.11.22)
(２０２１年)
[長編・単行本] 『ヘーゼルの密書』（光文社／表紙カバー画：永井秀樹）(2021.1.20)
<播磨国妖綺譚シリーズ> 「八島の亡霊」(文藝春秋「オール讀物」２月号／扉絵：山野辺進）(2021.1.22)
<播磨国妖綺譚シリーズ> 「光るもの」(文藝春秋「オール讀物」５月号／扉絵：山野辺進）(2021.4.22)
<長編> 【月刊誌連載】『上海灯蛾』（双葉社「小説推理」2021年3月号～12月号／扉絵：伊藤彰剛）
[播磨国妖綺譚シリーズ・単行本]『播磨国妖綺譚』（文藝春秋／表紙カバー画：マツリカ）(2021.9.27)
<短編> 「ヒトに潜むもの」（異形コレクション・第５２巻『狩りの季節』光文社文庫／表紙カバーデザイン：坂野公一／画：Q-TA）(2021.11.20)
(２０２２年)
<長編> 【月刊誌連載】『上海灯蛾』（双葉社「小説推理」2022年1月号～7月号／扉絵：伊藤彰剛）（* 完結）
[短編集・書き下ろし文庫] 『獣たちの海』（ハヤカワ文庫／表紙カバー画：Tarosuke）(2022.2.25)
[長編] 【文庫版】『リラと戦禍の風』（角川文庫／表紙カバー画：三村晴子）(2022.3.25)
<短編> 「封じられた明日」（異形コレクション・第５３巻『ギフト』光文社文庫／表紙カバーデザイン：坂野公一／画：Q-TA）(2021.4.20)
<播磨国妖綺譚シリーズ> 「突き飛ばし法師」(文藝春秋「オール讀物」８月号／扉絵：山野辺進）(2021.7.22)
<短編> 「成層圏の墓標」（異形コレクション・第５４巻『超常気象』光文社文庫／表紙カバーデザイン：坂野公一／画：Q-TA）(2021.12.20)
(２０２３年)
【単著書名一覧】
※電子書籍版もあるものは末尾に「◆」マークを付与
<デビュー作>
『火星ダーク・バラード』（角川春樹事務所・ハルキ文庫／解説：八杉将司） ◆
<オーシャンクロニクル・シリーズ> （* 刊行順）
『魚舟・獣舟』（光文社文庫／解説：山岸眞） ◆
『華竜の宮』上・下（早川書房・ハヤカワ文庫／解説：渡邊利道） ◆
『リリエンタールの末裔』（早川書房・ハヤカワ文庫／解説：香月祥宏） ◆
『深紅の碑文』上・下 （早川書房・ハヤカワ文庫／解説：渡邊利道） ◆
『獣たちの海』 （早川書房・ハヤカワ文庫／著者による解説付き）◆
<播磨国妖綺譚シリーズ> （* 刊行順）
『播磨国妖綺譚』（文藝春秋） ◆
<単発作品> （* 新着順。一番上が新刊）
『ヘーゼルの密書』（光文社） ※戦時上海三部作 (2) ◆
『破滅の王』（双葉社・双葉文庫／解説：杉江松恋） ※戦時上海三部作 (1) ◆
『夢みる葦笛』（光文社・光文社文庫／解説：牧眞司） ◆
『リラと戦禍の風』（KADOKAWA・角川文庫／解説：大矢博子） ◆
『薫香のカナピウム』（文藝春秋・文春文庫／解説：池澤春菜） ◆
『美月の残香』（光文社文庫／解説：堀晃） ◆
<百目シリーズ> （* 刊行順）
『妖怪探偵・百目』(1) 朱塗の街 （光文社文庫） ◆
『妖怪探偵・百目』(2) 廃墟を満たす禍 （光文社文庫） ◆
『妖怪探偵・百目』(3) 百鬼の楽師 （光文社文庫） ◆
<グルメ小説シリーズ> （* 刊行順）
(* 洋菓子シリーズ)
『ラ・パティスリー』（ハルキ文庫）
『ショコラティエの勲章』（ハルキ文庫）
『菓子フェスの庭』（ハルキ文庫）
(* レストラン)
『トラットリア・ラファーノ』（ハルキ文庫）
（* 文庫化・電子化未処理の作品）
『ゼウスの檻』 『ブラック・アゲート』 『セント・イージス号の武勲』
【書評】 （* マークは寄稿先）
井田茂『ハビタブルな宇宙』（春秋社） * 共同通信社(2020)
キム・チョヨプ・著／カン・バンファ、 ユン・ジヨン：訳 『わたしたちが光の速さで進めないなら』（早川書房） * 河出書房新社『文藝』(2021)
大橋毅彦『D・L・ブロッホをめぐる旅 亡命ユダヤ人美術家と戦争の時代』（春陽堂書店） * 週刊読書人(2021)
サイモン・パーキン：著／野口百合子：訳『小鳥と狼のゲーム Ｕボートに勝利した海軍婦人部隊と秘密のゲーム』（東京創元社） * 週刊読書人(2022)
馳星周『月の王』（KADOKAWA） * 文芸WEBマガジン「カドブン」(2022)
【文庫本解説】
新井素子『おしまいの日』（中央公論文庫）(2012)
川端裕人『エピデミック』（集英社文庫）(2020)
小松左京『日本沈没』上・下（新装版／角川春樹事務所）(2020)
【エッセイ】 （* マークは寄稿先）
巻頭エッセイ ジェイムズ・ティプトリー・Jr.「愛はさだめ、さだめは死」 * 早川書房「SFマガジン」
ジョン・ヴァーリイ「ブルー・シャンペン」――「切なくて苦くて――そして、エロティックな孤独」 * 早川書房「SFマガジン」
エッセイ集『未来力養成教室』（岩波ジュニア新書）(2013.7.19) ※これは単著ではありません
追悼：アーシュラ・Ｋ・ル＝グウィン――「同じ土地」で「違う道を行く」ことについて（青土社／『ユリイカ』）(2018)
「21世紀の小松左京」 *「有隣」574号 (2021)
「猫の言葉、ヒトの言葉」 *「Newton 増刊号」(2021)
「生命」の広がり／私たちはどこまで「人」か *「學鐙」2021年秋号 (2021)
【対談・トークイベント記録】
ミューズ叢書（発刊：オフィス・トリプルツー）
<1> 対談＆インタビュー／特集『妖怪探偵・百目』上田早夕里×八杉将司（2016.01.20） ◆
<2> トークイベント記録／特集「オーシャンクロニクル・シリーズ(1)」『薫香のカナピウム』（2016.03.30） ◆
<3> 町井登志夫インタビュー：特集『爆撃聖徳太子』（2016.10.02） ◆
<4> 対談／町井登志夫×上田早夕里「ＳＦ往復書簡」（2018.02.10） ◆
<5> 「名古屋ＳＦシンポジウム ２０１８」オーシャンクロニクルから「破滅の王」まで（2019.09.28） ◆